どちらでも問題ありませんが、可能であれば車外に設置して作業することをおすすめします。
理由は、車外に設置すれば、電源をOFFにするときオゾンを吸わずに済むからです。

車内に設置して運転している場合、待機時間を設けても少なからず分解しきれていないオゾンが残っているため、電源をOFFにしたり、本体を車外に持ち出す際に、車内に残っているオゾンを少し吸ってしまいます。その程度の量はまったく問題はないのですが、せっかく専用のチューブも付いていることですし、車外に設置して使用すれば、作業者にとってもなお安全です。
ただし、その場合、電源供給はシガーソケットではなく、他のところから通常電源でとるようになろうかと思います。
※オゾンクラスター1400には、通常の電源コードとシガーソケット用電源が付属します。