部屋の消臭をするとき、本体は部屋の中に設置して運転するのでしょうか?

部屋の中にオゾン発生器を設置
はい、部屋の消臭・除菌作業を行う際、オゾン発生器本体は部屋の中に設置して運転を行います。

もちろん、可能であれば、本体は部屋の外(たとえば、ドアの前など)に置き、チューブだけをドアの隙間から部屋の中に入れて作業をしても問題ありませんが、その場合、ドアの隙間からオゾンが漏れると作業効率が低下しますので、ドアの隙間には剥がしやすい養生テープなどを貼り、密閉率を高めて下さい。

部屋の外に設置できればなおよし

とはいえ、部屋の消臭・除菌作業は車の車内消臭のように狭くないので、本体を部屋の中に設置して利用されている方がほとんどです。(養生テープで密閉率を高めたりすることも手間なので)

車の車内のように、その空間がきわめて狭い場合、分解しきれていないオゾンが残りやすいですが、部屋の場合、適切な待機時間を設ければ、そこまでオゾンが残りません。

ですから、消臭・除菌作業が終わり、部屋の中に入っても本機の電源をOFFにし、すぐに窓を全開、バスルーム・部屋内の換気を回せば残ったオゾンは速やかに分解し、酸素に戻り完全無害化するため、問題がないケースがほとんどです。(実際にうちや、同業の専門業者の人たちもそのような使い方をしています)